नव्या ठाणे रेल्वे स्थानकाचा आराखडा मध्य रेल्वेने पूर्ण केला असून, धीम्या लोकलसाठी येथे स्वतंत्र रेल्वे स्थानक उभारण्यात येणार आहे. भविष्यात ठाणे लोकल नव्या स्थानकातून सोडण्याचे नियोजन मध्य रेल्वेने केले आहे.
स्थानक पश्चिमेच्या दादर दिशेला रेल्वे कॉलनी आणि सॅटिसच्या उतरणीमुळे एकल मार्ग (वन वे) वाहतूक आहे. कल्याण दिशेला एसटी स्थानकासह सॅटिसचे एकल मार्ग चढण आहे. पूर्वेला वाहन पार्किंगसाठी जागा नाही.
ठाणे महापालिका, बेस्ट, मिरा-भाईंदर यांच्या परिवहन सेवा आणि खासगी बस यांना जाण्यासाठी एकच मार्ग असल्याने खासगी वाहनधारकांची पूर्वेकडील रस्त्यावर त्रेधातिरपीट उडते. याला पर्याय म्हणून नव्या ठाणे रेल्वे स्थानकाच्या डेकला पूर्व द्रुतगती महामार्गाची जोडणी देण्यात येणार आहे.
पूर्व द्रुतगती महामार्गालगत असलेल्या मनोरुग्णालयाच्या जागेत नवे ठाणे स्थानक उभारण्यात येणार आहे. मनोरुग्णालयाची एकूण जागा ६ हेक्टर असून, यापैकी १.३ हेक्टर जागेत नव्या स्थानकाची उभारणी होणार आहे.
नव्या ठाणे स्थानकामध्ये होम फलाटासह दुतर्फा तीन फलाट असतील. स्थानकात तीन पादचारी पूल उभारण्यात येणार असून, यापैकी दोन पुलांची जोडणी फलाटांना आणि एका पुलाची जोडणी पूर्व-पश्चिम असेल.
स्थानकात २५० बाय ३० मीटर उन्नत डेक उभारण्यात येणार असून, हा डेक महामार्गाला जोडण्यात येणार आहे. त्यासोबतच सरकते जिने, लिफ्ट या आधुनिक सुविधा फलाटांवर असतील.
नव्या ठाणे स्थानकात सध्याच्या ठाणे स्थानकातील धीम्या लोकल वळवून प्रवासी गर्दी विभागण्यात येणार आहे. जलद लोकल आणि मेल-एक्स्प्रेस सध्याच्या ठाणे स्थानकातूनच चालवण्याचे नियोजन आहे.
नव्या ठाणे स्थानकासाठी अपेक्षित खर्च १८३ कोटी रुपये असून, ठाणे स्मार्ट शहरांतर्गत स्थानक आणि परिसरासाठी २८९ कोटींची तरतूद आहे. हा खर्च ठाणे महापालिकेकडून मध्य रेल्वेला देण्यात येणार आहे.